Supplementen met probiotica - "vriendelijke" bacteriën die de spijsvertering en immuniteit bevorderen - worden steeds populairder bij gezondheidsbewuste consumenten. Volgens het National Center for Complementary and Alternative Medicine (NCCAM) is de verkoop van probiotica tussen 1994 en 2003 bijna verdrievoudigd. NCCAM merkt op dat probiotica veelbelovend lijken als een behandeling voor diarree, prikkelbare darmsyndroom, urineweginfecties en kindereczeem. Niettemin, zoals alle supplementen, hebben probiotica enkele nadelen.
Onvoldoende bewijs
Medline Plus, een dienst van de National Institutes of Health, merkt op dat veel van de toepassingen voor L. acidophilus - 's werelds meest populaire probioticum - niet bewezen zijn. Hoewel goed wetenschappelijk bewijs het gebruik van acidophilus als een behandeling voor bacteriële vaginose ondersteunt, zijn er niet genoeg grootschalige, dubbelblinde klinische onderzoeken geweest om volledig vast te stellen dat probiotica andere ziekten kunnen behandelen.
Gastro-intestinale bijwerkingen
Volgens de National Institutes of Health veroorzaken probiotica soms mild gas of maagklachten. Deze bijwerking neemt echter gewoonlijk af bij langdurig gebruik. Deze bijwerking wordt zelden gezien bij mensen die matig lage doses probiotica gebruiken.
Mogelijkheid van infectie
Volgens de National Institutes of Health kunnen mensen met een ernstig gecompromitteerd immuunsysteem een systemische infectie krijgen na het nemen van probiotica. Deze levensbedreigende bijwerking is uiterst zeldzaam. Het is alleen gedocumenteerd bij mensen van wie het immuunsysteem is aangetast door aids, chemotherapiemedicijnen of immunosuppressiva.